第3世代iPad/iPad 2を結婚式のウェルカムボードとして利用できる「WelcomeBoardCocoro」をリリースしました

アクセス解析を眺めていると需要が高そうでしたので,
TM値計算を一括で処理できるプログラムも作ってみました.

一括処理が出来る点以外は前に作っていたTM値計プログラムと同じです.

下の「計算させたいプライマー配列」のフォームに複数のプライマー配列を改行区切りで入力すると,計算結果を一括して得ることができます.

出力をCSV(カンマ区切)形式にしていますので,メモ帳などにコピペ保存し,拡張子を.csv などに変えて頂けると,Excel なんかで読み込めたりすると思います.

正直僕はこの分野は素人ですので,間違いやこうした方がいいなど,ご意見ご感想が
あればコメント欄や メール,twitter (@okbtks) などからご教授頂けると幸いです.


計算させたいプライマー配列
※改行(複数行)で複数の配列を同時に計算できます.小文字もOKです.


計算結果
CSV形式(カンマ区切り)になっています.メモ帳等にコピペ保存して拡張子をCSV等にするとExcelで扱えると思います.



※ Tm値(1)
(Tm値) = 60.8+0.41*(G,Cの割合(%))-(500/総塩基数)

標準的なPCRバッファー組成(最終濃度)
50mM KCL
10mM Tris-HCl(pH 8.4〜9.0 at 25℃)
1.5mM MgCl2
0.01% ゼラチンまたは0.01% Triton X-100

塩濃度[S] = 0.05*(KCl濃度)+0.67*0.01*(Tris濃度)=0.0567(M)

※ Tm値(2):Tm値(1)の近似計算
(Tm値) = 4*(G,Cの数)+2*(A,Tの数)+35-2*(総塩基数)

【参考文献】 中山広樹著,バイオ実験イラストレイテッド3 本当に増えるPCR(新版),秀潤社

  • Abyb

    good job!

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