プライマーの相補プライマー配列，その逆方向配列，Tm値(melting temperature)の計算を行うプログラムを用意してみました．※[G,C,A,T]以外の文字は無視されます．
Tm値の計算は”Current Protocols in Molecular Biology”に準拠しています.

取り入れて欲しい計算式やその他要望などがありましたらコメントに残してください．

@okbtks

閲覧ありがとうございます．
TM値計算プログラムの一括処理版を用意してみました．
是非お試し下さい．
. .
プライマーの配列 (5′-3′)
↑の相補プライマー (3′-5′)
↑の逆向 (5′-3′)
プライマーの塩基数
“G”または”C”の数
“G”または”C”の割合（％）
“A”または”T”の数
“A”または”T”の割合（％）
Tm値(1)
Tm値(2)
※ Tm値(1)
(Tm値) = 60.8+0.41*(G,Cの割合(%))-(500/総塩基数)

標準的なPCRバッファー組成（最終濃度）
50mM KCL
10mM Tris-HCl(pH 8.4〜9.0 at 25℃)
1.5mM MgCl2
0.01% ゼラチンまたは0.01% Triton X-100

塩濃度[S] = 0.05*(KCl濃度)+0.67*0.01*(Tris濃度)=0.0567(M)

※ Tm値(2)：Tm値(1)の近似計算
(Tm値) = 4*(G,Cの数)+2*(A,Tの数)+35-2*(総塩基数)

【参考文献】 中山広樹著，バイオ実験イラストレイテッド３＋ 本当に増えるＰＣＲ（新版），秀潤社

  • U2telecasmaster

    GC含量を塩基数だけでなく％表示していただけるとうれしいです。

  • http://app.javac.biz/ okbtks

    コメントありがとうございます．
    早速実装させてい頂きました．お試し下さい．

  • guest

    セルの中の文字を一括消去する，clearボタンを追加して頂けると嬉しいです．

  • http://app.javac.biz/ okbtks

    ありがとうございます．実装してみました．

  • guest

    混合プライマーのTm範囲を計算できるようにして頂けるとありがたいです。

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