5 月
31

PCRのプライマーの設計の為に．．．

　
　プライマーの相補プライマー配列，その逆方向配列，Tm値(melting temperature)の計算を行うプログラムを用意してみました．※[G,C,A,T]以外の文字は無視されます．
　Tm値の計算は”Current Protocols in Molecular Biology”に準拠しています.

 

 

プライマーの配列 (5′-3′) 　
↑の相補プライマー (3′-5′)
↑の逆向 (5′-3′)
プライマーの塩基数
“G”または”C”の数
“A”または”T”の数
Tm値(1)
Tm値(2)
※ Tm値(1)
　(Tm値) = 60.8+0.41*(G,Cの割合(%))-(500/総塩基数)

 

標準的なPCRバッファー組成（最終濃度）
50mM　 KCL
10mM Tris-HCl(pH 8.4〜9.0 at 25℃)
1.5mM MgCl2
0.01% ゼラチンまたは0.01% Triton X-100

 

塩濃度[S] = 0.05*(KCl濃度)+0.67*0.01*(Tris濃度)=0.0567(M) 

※ Tm値(2)：Tm値(1)の近似計算
　(Tm値) = 4*(G,Cの数)+2*(A,Tの数)+35-2*(総塩基数)

【参考文献】
　中山広樹著，バイオ実験イラストレイテッド３＋　本当に増えるＰＣＲ（新版），秀潤社 

 

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